Gıda kaynaklı hastalıkların yıllık insidansının doğru tahminleri, farklı ülkelerdeki raporlama sistemlerine bağlı olarak zor ve bazen imkansızdır. Raporlama sistemlerinin diğer bazı bölgelerden daha iyi olduğu bazı Avrupa ülkelerinde ve Amerika’da gıda kaynaklı hastalık istatistiklerine salmonelloz ve kampilobakteriyoz vakaları hakimdir. Ancak diğer bölgelerde, gıda kaynaklı hastalık istatistikleri yalnızca salgın bilgilerine dayanma eğilimindedir ve bazı durumlarda diğer organizmalar hastalığın önde gelen nedenleri olarak tanımlanır.
Örneğin, Tayvan’da 1994 yılındaki salgınların %74’üne Vibrio parahaemolyticus (%56,7), Staphylococcus aureus (%20,3), Bacillus gibi bakteriyel patojenler neden olmuştur. Nitekim Cereus (%14,9) ve Salmonella (%8,1) tanımlanan başlıca etkenlerdir. Güneydoğu Çin’de 1986-87 yılları arasında ishal hastalığı üzerine yapılan bir çalışmada, ishal hastalığının genel insidansı 1000 nüfus başına 730 şeklindedir.
Oluşma sıklığına göre en sık izole edilen organizmalar enterotoksijenik Escherichia coli, Shigella türleri, enteropatojenik E. coli, Campylobacter jejuni, vibrios ve enteroinvazif E. coli göze çarpmaktadır. Bu organizmalar ve Entamoeba histolytica, gelişmekte olan ülkelerde tipik ishal nedenleridir. Gıdaların, bu hastalıklarda olası birkaç enfeksiyon kaynağından yalnızca biri olacağını hatırlamak önemlidir. Ancak bu bölgelerde iyi epidemiyolojik verilerin olmaması, gıdanın rolünün yeterince tanınmamasına yol açmaktadır.
ABD’de, gıda kaynaklı hastalıkların her yıl yaklaşık 76 milyon hastalığa, 325.000 hastaneye yatışa ve 5000 ölüme neden olduğu; bilinen patojenlerin 14 milyon hastalık, 60.000 hastaneye yatış ve 1800 ölüme neden olduğu tahmin edilmektedir. Çalışmalarda, salgınla ilgili vakalar ve pasif ve aktif sürveyans sistemleri dahil olmak üzere bir dizi kaynaktan alınan veriler kullanılarak tahminler yapılmıştır. En fazla sayıda etkene neden olduğu belirlenen organizmalar, gıda kaynaklı hastalık vakaları Norwalk-benzeri virüslerdir. Bunu sırasıyla campylobacters, salmonellas, Clostridium perfringens, Giardia lamblia, staphylococci, Escherichia coli ve Toxoplasma gondii izlemektedir. Farklı ülkelerdeki gıda kaynaklı hastalık insidansını karşılaştırmak, farklı raporlama sistemleri nedeniyle genellikle zordur.
Ayrıca yoğun insan nüfusu ve kesinleşmeyen tanılar sebebiyle verilen sayıların düşük olacağını tahmin etmek gerekir. Gıda kaynaklı hastalıkların tıpkı yetersiz beslenme gibi ciddi bir problem olduğunu ancak insanların bunu her zaman yeteri kadar ciddiye almadığı bir gerçektir. Gıda temelli hastalıkların önüne geçebilmek için üreticilerin doğru analiz ve sertifikasyon yöntemlerine gitmeleri hem şirketlerinin güvenilirliği hem de müşterilerinin sağlığı açısından son derece önemlidir.