Perklorat toksisitesi hakkında mevcut tıbbi bilgilerin çoğu, perklorat toksisitesinin hipertiroidizm tedavisinde bir antitiroid etken olarak kullanılmasından kaynaklanmaktadır. Perklorat, tiroid iyodür alımını azaltarak tiroid hormonlarının üretimini azalttığı için bu amaçla kullanılmıştır. Ancak potansiyel toksisitesi ve yan etkileri nedeniyle bu amaçla perklorat kullanımı yerini diğer ilaç tedavilerine bırakmıştır.
Perklorat vücuttan hızla atılmasına rağmen, iyonik yarıçapı ve yükü iyodidinkine benzer olduğu için çevresel kaygılar mevcuttur. Sonuç olarak, perklorattiroid iyodür alımını tartışmasız bir şekilde bloke eder. İyot, tüm hücrelerde metabolizmayı düzenleyen tiroid hormonlarının üretimi için gereklidir. Bu nedenle perklorat, tiroidin normal işlevlerine müdahale edebilir ve temel hormonların konsantrasyonlarını değiştirebilir. Bazıları kanserojenlik dahil olmak üzere başka sağlık etkilerini göstermiş olsa da, perklorata maruz kalmak değişen derecelerde bilişsel bozulmaya neden olması en baskın tehdittir.
Tiroid hormonları fetüslerde, bebeklerde ve küçük çocuklarda büyüme ve gelişmenin kritik belirleyicileridir. Bu gruplar, tiroid eksikliği sorunları için hassas popülasyonlar olarak kabul edilir. Tiroid fonksiyonundan ödün vermiş ergenler ve yetişkinler veiyot eksikliği olanlar da potansiyel olarak hassas popülasyonlardır. Ek olarak, perklorat diğer hayvan türlerinin normal gelişimini etkiler, bu nedenle ekotoksisitesi üzerine önemli araştırmalar yapılmıştır. Birçok hayvan, kısmen insanların tiroid içinde nispeten yüksek hormon depolarına sahip olması nedeniyle perklorata insanlardan daha duyarlı görünmektedir ve insanlar ayrıca kandaki hormonları daha hızlı işlediğinden, böylece daha yavaş kaybolurlar. Çeşitli nedenlerle perklorat için koruyucu kriterler geliştirmek zor olmuştur.
Perkloratın etkileri, özellikle nispeten düşük dozlarda, hafif, karmaşık ve anlaşılması güçtür. Perklorat sistemden nispeten hızlı bir şekilde atılır ve etkileri sadece doz ve maruz kalma süresine değil, aynı zamanda organizmanın iyodür durumuna da bağlıdır. İnsanlar üzerinde sağlam epidemiyolojik çalışmalara izin verecek veritabanları mevcut değildir ve potansiyel ekolojik reseptörler üzerindeki perkloratın etkileri hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Ayrıca, mevcut altta yatan toksikolojik çalışmalarla ilgili önemli belirsizlikler ve tartışmalar olmuştur. Mevcut verilerin kalitesi ve geçerliliği ve yayınlanan sonuçların yorumlanması defalarca sorgulandı. Olumsuz bir etkinin ne olduğunu tanımlamak için bile güçlük çekildi. Son olarak, riske dayalı kriterler geliştirilirken verilere uygulanması gereken belirsizlik faktörleri hararetle tartışılmıştır. NRC raporu birçok sorunu çözmüş olsa da, tartışma tamamen bitmemiştir ve şaşırtıcı sonuçlar halen gözlemlenmektedir.
