Yıllar içinde, esas olarak morfolojik/anatomik analiz, organoleptik belirteçler (koku, renk, doku) veya kimyasal testlere dayanan bir analitik yöntemler cephaneliği geliştirilmiştir. gıda kontaminantlarını kontrol etmek için. Genel olarak, bir toksin kontaminasyonunu doğrulamak için kullanılan üç temel tespit stratejisi vardır: i) toksinin kendisinin veya bir vekil işaretçinin varlığının gösterilmesi; ii) maddenin biyolojik özelliklerini doğrulayarak dolaylı gösterim, örneğin aglütinasyon veya enzim bağlantılı immünosorbent deneyleri (ELISA) pozitifliği; iii) kontamine olmayan gıdaya kıyasla değiştirilmiş bir analitik profilin gösterilmesi. Bunlar arasında, bir toksinin veya uygun bir vekil işaretleyicinin doğrudan karakterizasyonu stratejisi en güvenilir olarak kabul edilir. Yukarıdaki nedenlerden dolayı, son yıllarda gıda karakterizasyonunu iyileştirmek için yeni yaklaşımlar geliştirilmiştir. Kararlı bir izotop oranının belirlenmesi, özellikleiz elementler üzerinde, ürünler ve çevreleri arasında yakın bir bağlantı kurmak için yararlı olan kararlı bir izotop imzası sağlar.

Patojen kontaminasyonu durumunda, en yeni genomik ve transkriptomik yaklaşımlar, ham bileşenlerin kontaminasyonundan türetilen nihai ürünlerdeki yabancı organizmaları tespit etmek için spesifik olarak RNA ve/veya DNA markörlerini hedefler. DNA temelli yöntemler, yabancı organizmalardan kaynaklanan DNA parçalarının PCR amplifikasyonundan oluşur (Rodríguez ve ark. 2012). Bu şekilde spesifik DNA dizileri tanımlanabilir ve/veya DNA parmak izleri elde edilebilir. Genellikle taksonomik olarak ilişkili olan birkaç türden kaynaklanan kirleticiler aynı anda meydana geldiğinde bu yöntemlerin karmaşık olduğu açıktır. Ayrıca, DNA bazlı analitik yöntemlerin kontaminasyonun nedenlerini belirlemede sınırlı bir etkinliği vardır, örneğinuyumlu olmayan işlenmiş hammaddeler. DNA belirteçlerinin saptanması, iyi tanımlanmış hedef analitlere sahip olmanın ve veri tabanı analizinin ve deneysel özgüllüğün bir arada kullanılmasının yanlış pozitifleri en aza indirgemesine rağmen, spesifik protein veya metabolit belirteçlerinin fenotipik ifadesine dayanan teknikler daha az zahmetlidir ve çoğu durumda daha güvenilirdir. Mikroorganizmaların varlığı, protein/peptid toksinlerinin gerçekten üretildiğinin doğrudan kanıtı değildir. Tersine, içsel stabiliteleri için toksinler, mikroorganizmanın kendisi artık saptanamaz hale geldikten sonra gıdada uzun süre kalabilir.

Kirletici toksinlerin izlenmesi genellikle immünokimyasal analizlere dayanır. Ticari olarak mevcut araçlar, normalde hızlı tarama için kullanılan yanal akış cihazları veya seviye çubukları ve ayrıca yarı niceliksel belirleme sağlayan ELISA’dır. 

ELISA kitlerine dayalı testlerin tipik saptama sınırı (LOD) 0,1 ila 5 ppm aralığındadır. İmmünokimyasal yöntemlerin başlıca endişeleri, hedeflenen epitopların genellikle iyi karakterize edilmemesi ve matris bileşenleriyle çapraz reaktivitenin yanlış pozitif tespitlere yol açabilmesi gerçeğinden oluşur. Tespitin güvenilirliği, kullanılan antikorların özgüllüğüne ve stabilitesine güçlü bir şekilde bağlıdır ve termal veya proteinler üzerinde indüklenen değişikliklerden etkilenebilir.diğer teknolojik tedaviler. Ayrıca, gıda işleme, antikor reaktivitesini değiştirerek antijenik dizileri değiştirebilir. Birçok protein hedefi, en yaygın olarak kullanılan sandviç ELISA tabanlı testler tarafından hafife alınabilir veya hatta tespit edilemeyebilir. Yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC), gaz kromatografisi (GC), kılcal elektroforez (CE), tek boyutlu (1D) veya iki boyutlu (2D) poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) gibi çok çeşitli kimyasal/biyokimyasal teknikler, ve kapiler elektroforez ayrıca gıdalarda bileşen tanımlama ve katkı maddesi tespitinde faydalı olduğunu kanıtlamıştır. üzerinde önemli bir etkiye sahip olmalarına rağmen kirletici tespiti ve yaygın olarak rutin analiz için kullanılır, bu yöntemler bir profili veya ölçülen değeri belirli bir orijinal ürün için beklenen değerle karşılaştırdıkları için yalnızca tanımlayıcıdır ve bu nedenle moleküler düzeyde değişen sonucun nedenlerini açıklayamazlar. Olarak diğer terimler, görünüm / kaybolması / elektroforetik grup veya kromatografik kayması, bir referans gıda ile karşılaştırıldığında tepe örneğine emin diagnostik olarak kabul edilemez bandın varyasyonu olarak / tepe normal gıda değişkenliği nedeniyle olabilir, gıda kirlenme yanlış (pozitif). Öte yandan, bir kirletici birlikte göç/birlikte elüsyon ile maskelenebilir. Normal bir gıda bileşeni ile (yanlış negatif). Bunun ışığında, teknolojik gelişmelere bağlı olarak çözme gücü ve duyarlılığındaki muazzam gelişmelere rağmen, bu tür analizlerde rutin olarak kullanılan geleneksel elektroforetik ve kromatografik tekniklerin tek başına, kompleksi tanımlama sorunuyla karşı karşıya kalındığında yetersiz olduğu düşünülmelidir. Doğal veya değiştirilmiş gıdaların bileşimi. Klasik olarak kullanılan yöntemlerin sınırlamaları göz önüne alındığında, yabancı gıda bileşenlerinin belirteçlerinin açık bir şekilde tanımlanmasını sağlamak için doğrulayıcı stratejiler de gereklidir. Proteomik yaklaşım bu sınırlamaları üstesinden gelebilir. Proteomik, omiklerin bir dalıdır. Teknolojiler, iyi kurulmuş analitik platformlara, özellikle kütle spektrometrisi (MS) tekniklerine dayanan bir analitik teknikler ailesidir.